5c12c12868a4cb314781d2729c3692bad98001ab
FL_sankey.md
| ... | ... | @@ -1,34 +0,0 @@ |
| 1 | -```mermaid |
|
| 2 | ---- |
|
| 3 | -config: |
|
| 4 | - sankey: |
|
| 5 | - showValues: false |
|
| 6 | - linkColor: target |
|
| 7 | - width: 800 |
|
| 8 | - height: 1000 |
|
| 9 | - nodeAlignment: right |
|
| 10 | ---- |
|
| 11 | -sankey-beta |
|
| 12 | -Krysiak 2017, FL Tier 1, 17 |
|
| 13 | -Krysiak 2017, FL Tier 2, 5 |
|
| 14 | -Morin 2011, FL Tier 1, 14 |
|
| 15 | -Morin 2011, FL Tier 2, 1 |
|
| 16 | -Hubschmann 2021, FL Tier 1, 2 |
|
| 17 | -Hubschmann 2021, FL Tier 2, 15 |
|
| 18 | -Pasqualucci 2011, FL Tier 1, 2 |
|
| 19 | -Russler-germain 2023, FL Tier 1, 1 |
|
| 20 | -Russler-germain 2023, FL Tier 2, 19 |
|
| 21 | -Okosun 2016, FL Tier 1, 2 |
|
| 22 | -FL, WGS, 2 |
|
| 23 | -WGS, Okosun 2016, 2 |
|
| 24 | -FL, exome, 20 |
|
| 25 | -exome, Russler-germain 2023, 20 |
|
| 26 | -FL, exome, 2 |
|
| 27 | -exome, Pasqualucci 2011, 2 |
|
| 28 | -FL, WGS, 17 |
|
| 29 | -WGS, Hubschmann 2021, 17 |
|
| 30 | -FL, RNA-seq/WGS, 15 |
|
| 31 | -RNA-seq/WGS, Morin 2011, 15 |
|
| 32 | -FL, exome, 22 |
|
| 33 | -exome, Krysiak 2017, 22 |
|
| 34 | -``` |
MCL_genes.md
| ... | ... | @@ -9,7 +9,7 @@ nocite: | |
| 9 | 9 | |
| 10 | 10 | ## Origins of MCL genes |
| 11 | 11 | |
| 12 | - |
|
| 12 | + |
|
| 13 | 13 | |
| 14 | 14 | ## Tier 1 MCL genes |
| 15 | 15 |
MCL_sankey.md
| ... | ... | @@ -1,28 +0,0 @@ |
| 1 | -```mermaid |
|
| 2 | ---- |
|
| 3 | -config: |
|
| 4 | - sankey: |
|
| 5 | - showValues: false |
|
| 6 | - linkColor: target |
|
| 7 | - width: 800 |
|
| 8 | - height: 1000 |
|
| 9 | - nodeAlignment: right |
|
| 10 | ---- |
|
| 11 | -sankey-beta |
|
| 12 | -Nadeu 2020, MCL Tier 1, 3 |
|
| 13 | -Nadeu 2020, MCL Tier 2, 2 |
|
| 14 | -Zhang 2014, MCL Tier 1, 2 |
|
| 15 | -Zhang 2014, MCL Tier 2, 26 |
|
| 16 | -Pararajalingam 2020, MCL Tier 1, 6 |
|
| 17 | -Pararajalingam 2020, MCL Tier 2, 1 |
|
| 18 | -Bea 2013, MCL Tier 1, 11 |
|
| 19 | -Bea 2013, MCL Tier 2, 16 |
|
| 20 | -MCL, WGS/exome, 27 |
|
| 21 | -WGS/exome, Bea 2013, 27 |
|
| 22 | -MCL, WGS, 5 |
|
| 23 | -WGS, Nadeu 2020, 5 |
|
| 24 | -MCL, exome, 28 |
|
| 25 | -exome, Zhang 2014, 28 |
|
| 26 | -MCL, WGS/exome, 7 |
|
| 27 | -WGS/exome, Pararajalingam 2020, 7 |
|
| 28 | -``` |
MCL_sankey1-1.svg
| ... | ... | @@ -1 +0,0 @@ |
| 1 | -<svg aria-roledescription="sankey" role="graphics-document document" viewBox="0 0 800 750" height="750" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" width="800" id="my-svg" style="background-color: white;"><style>#my-svg{font-family:"trebuchet ms",verdana,arial,sans-serif;font-size:16px;fill:#333;}#my-svg .error-icon{fill:#552222;}#my-svg .error-text{fill:#552222;stroke:#552222;}#my-svg .edge-thickness-normal{stroke-width:2px;}#my-svg .edge-thickness-thick{stroke-width:3.5px;}#my-svg .edge-pattern-solid{stroke-dasharray:0;}#my-svg .edge-pattern-dashed{stroke-dasharray:3;}#my-svg .edge-pattern-dotted{stroke-dasharray:2;}#my-svg .marker{fill:#333333;stroke:#333333;}#my-svg .marker.cross{stroke:#333333;}#my-svg svg{font-family:"trebuchet ms",verdana,arial,sans-serif;font-size:16px;}#my-svg :root{--mermaid-font-family:"trebuchet ms",verdana,arial,sans-serif;}</style><g/><g class="nodes"><g y="0" x="526.6666666666666" transform="translate(526.6666666666666,0)" id="node-1" class="node"><rect fill="#4e79a7" width="10" height="290.14925373134344"/></g><g y="0" x="790" transform="translate(790,0)" id="node-2" class="node"><rect fill="#f28e2c" width="10" height="236.4179104477612"/></g><g y="246.4179104477612" x="790" transform="translate(790,246.4179104477612)" id="node-3" class="node"><rect fill="#e15759" width="10" height="483.58208955223904"/></g><g y="385.3731343283583" x="526.6666666666666" transform="translate(526.6666666666666,385.3731343283583)" id="node-4" class="node"><rect fill="#76b7b2" width="10" height="53.73134328358208"/></g><g y="300.14925373134344" x="526.6666666666666" transform="translate(526.6666666666666,300.14925373134344)" id="node-5" class="node"><rect fill="#59a14f" width="10" height="75.22388059701484"/></g><g y="449.10447761194035" x="526.6666666666666" transform="translate(526.6666666666666,449.10447761194035)" id="node-6" class="node"><rect fill="#edc949" width="10" height="300.8955223880599"/></g><g y="11.45970900089457" x="0" transform="translate(0,11.45970900089457)" id="node-7" class="node"><rect fill="#af7aa1" width="10" height="720"/></g><g y="0" x="263.3333333333333" transform="translate(263.3333333333333,0)" id="node-8" class="node"><rect fill="#ff9da7" width="10" height="365.3731343283582"/></g><g y="445.7059008265178" x="263.3333333333333" transform="translate(263.3333333333333,445.7059008265178)" id="node-9" class="node"><rect fill="#9c755f" width="10" height="300.8955223880596"/></g><g y="381.9745575429357" x="263.3333333333333" transform="translate(263.3333333333333,381.9745575429357)" id="node-10" class="node"><rect fill="#bab0ab" width="10" height="53.73134328358219"/></g></g><g font-size="14" font-family="sans-serif" class="node-labels"><text text-anchor="end" dy="0.35em" y="145.07462686567172" x="520.6666666666666">Bea 2013</text><text text-anchor="end" dy="0.35em" y="118.2089552238806" x="784">Tier 1</text><text text-anchor="end" dy="0.35em" y="488.2089552238807" x="784">Tier 2</text><text text-anchor="end" dy="0.35em" y="412.2388059701493" x="520.6666666666666">Nadeu 2020</text><text text-anchor="end" dy="0.35em" y="337.76119402985086" x="520.6666666666666">Pararajalingam 2020</text><text text-anchor="end" dy="0.35em" y="599.5522388059703" x="520.6666666666666">Zhang 2014</text><text text-anchor="start" dy="0.35em" y="371.4597090008946" x="16">MCL genes</text><text text-anchor="start" dy="0.35em" y="182.6865671641791" x="279.3333333333333">MCL-WGS/exome</text><text text-anchor="start" dy="0.35em" y="596.1536620205476" x="279.3333333333333">MCL-exome</text><text text-anchor="start" dy="0.35em" y="408.8402291847268" x="279.3333333333333">MCL-</text></g><g stroke-opacity="0.5" fill="none" class="links"><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="118.20895522388061" stroke="#f28e2c" d="M536.6666666666666,59.104477611940304C663.3333333333333,59.104477611940304,663.3333333333333,59.104477611940304,790,59.104477611940304"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="171.9402985074627" stroke="#e15759" d="M536.6666666666666,204.17910447761196C663.3333333333333,204.17910447761196,663.3333333333333,332.3880597014925,790,332.3880597014925"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="32.23880597014926" stroke="#f28e2c" d="M536.6666666666666,401.4925373134329C663.3333333333333,401.4925373134329,663.3333333333333,198.80597014925374,790,198.80597014925374"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="21.492537313432837" stroke="#e15759" d="M536.6666666666666,428.358208955224C663.3333333333333,428.358208955224,663.3333333333333,439.85074626865674,790,439.85074626865674"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="64.47761194029852" stroke="#f28e2c" d="M536.6666666666666,332.3880597014927C663.3333333333333,332.3880597014927,663.3333333333333,150.44776119402985,790,150.44776119402985"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="10.746268656716419" stroke="#e15759" d="M536.6666666666666,370.00000000000017C663.3333333333333,370.00000000000017,663.3333333333333,423.7313432835821,790,423.7313432835821"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="21.492537313432837" stroke="#f28e2c" d="M536.6666666666666,459.8507462686568C663.3333333333333,459.8507462686568,663.3333333333333,225.67164179104478,790,225.67164179104478"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="279.4029850746269" stroke="#e15759" d="M536.6666666666666,610.2985074626866C663.3333333333333,610.2985074626866,663.3333333333333,590.2985074626865,790,590.2985074626865"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="75.22388059701493" stroke="#ff9da7" d="M10,49.07164929940203C136.66666666666666,49.07164929940203,136.66666666666666,37.61194029850746,263.3333333333333,37.61194029850746"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="75.22388059701493" stroke="#59a14f" d="M273.3333333333333,327.7611940298508C400,327.7611940298508,400,337.7611940298509,526.6666666666666,337.7611940298509"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="300.8955223880597" stroke="#9c755f" d="M10,581.0119478068648C136.66666666666666,581.0119478068648,136.66666666666666,596.1536620205477,263.3333333333333,596.1536620205477"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="300.8955223880597" stroke="#edc949" d="M273.3333333333333,596.1536620205477C400,596.1536620205477,400,599.5522388059702,526.6666666666666,599.5522388059702"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="290.1492537313433" stroke="#ff9da7" d="M10,231.75821646358116C136.66666666666666,231.75821646358116,136.66666666666666,220.2985074626866,263.3333333333333,220.2985074626866"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="290.1492537313433" stroke="#4e79a7" d="M273.3333333333333,145.07462686567166C400,145.07462686567166,400,145.07462686567166,526.6666666666666,145.07462686567166"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="53.73134328358209" stroke="#bab0ab" d="M10,403.69851497104383C136.66666666666666,403.69851497104383,136.66666666666666,408.84022918472675,263.3333333333333,408.84022918472675"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="53.73134328358209" stroke="#76b7b2" d="M273.3333333333333,408.84022918472675C400,408.84022918472675,400,412.2388059701493,526.6666666666666,412.2388059701493"/></g></g></svg> |
|
| ... | ... | \ No newline at end of file |
images/MCL_sankey1-1.svg
| ... | ... | @@ -0,0 +1 @@ |
| 1 | +<svg aria-roledescription="sankey" role="graphics-document document" viewBox="0 0 800 750" height="750" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" width="800" id="my-svg" style="background-color: white;"><style>#my-svg{font-family:"trebuchet ms",verdana,arial,sans-serif;font-size:16px;fill:#333;}#my-svg .error-icon{fill:#552222;}#my-svg .error-text{fill:#552222;stroke:#552222;}#my-svg .edge-thickness-normal{stroke-width:2px;}#my-svg .edge-thickness-thick{stroke-width:3.5px;}#my-svg .edge-pattern-solid{stroke-dasharray:0;}#my-svg .edge-pattern-dashed{stroke-dasharray:3;}#my-svg .edge-pattern-dotted{stroke-dasharray:2;}#my-svg .marker{fill:#333333;stroke:#333333;}#my-svg .marker.cross{stroke:#333333;}#my-svg svg{font-family:"trebuchet ms",verdana,arial,sans-serif;font-size:16px;}#my-svg :root{--mermaid-font-family:"trebuchet ms",verdana,arial,sans-serif;}</style><g/><g class="nodes"><g y="0" x="526.6666666666666" transform="translate(526.6666666666666,0)" id="node-1" class="node"><rect fill="#4e79a7" width="10" height="290.14925373134344"/></g><g y="0" x="790" transform="translate(790,0)" id="node-2" class="node"><rect fill="#f28e2c" width="10" height="236.4179104477612"/></g><g y="246.4179104477612" x="790" transform="translate(790,246.4179104477612)" id="node-3" class="node"><rect fill="#e15759" width="10" height="483.58208955223904"/></g><g y="385.3731343283583" x="526.6666666666666" transform="translate(526.6666666666666,385.3731343283583)" id="node-4" class="node"><rect fill="#76b7b2" width="10" height="53.73134328358208"/></g><g y="300.14925373134344" x="526.6666666666666" transform="translate(526.6666666666666,300.14925373134344)" id="node-5" class="node"><rect fill="#59a14f" width="10" height="75.22388059701484"/></g><g y="449.10447761194035" x="526.6666666666666" transform="translate(526.6666666666666,449.10447761194035)" id="node-6" class="node"><rect fill="#edc949" width="10" height="300.8955223880599"/></g><g y="11.45970900089457" x="0" transform="translate(0,11.45970900089457)" id="node-7" class="node"><rect fill="#af7aa1" width="10" height="720"/></g><g y="0" x="263.3333333333333" transform="translate(263.3333333333333,0)" id="node-8" class="node"><rect fill="#ff9da7" width="10" height="365.3731343283582"/></g><g y="445.7059008265178" x="263.3333333333333" transform="translate(263.3333333333333,445.7059008265178)" id="node-9" class="node"><rect fill="#9c755f" width="10" height="300.8955223880596"/></g><g y="381.9745575429357" x="263.3333333333333" transform="translate(263.3333333333333,381.9745575429357)" id="node-10" class="node"><rect fill="#bab0ab" width="10" height="53.73134328358219"/></g></g><g font-size="14" font-family="sans-serif" class="node-labels"><text text-anchor="end" dy="0.35em" y="145.07462686567172" x="520.6666666666666">Bea 2013</text><text text-anchor="end" dy="0.35em" y="118.2089552238806" x="784">Tier 1</text><text text-anchor="end" dy="0.35em" y="488.2089552238807" x="784">Tier 2</text><text text-anchor="end" dy="0.35em" y="412.2388059701493" x="520.6666666666666">Nadeu 2020</text><text text-anchor="end" dy="0.35em" y="337.76119402985086" x="520.6666666666666">Pararajalingam 2020</text><text text-anchor="end" dy="0.35em" y="599.5522388059703" x="520.6666666666666">Zhang 2014</text><text text-anchor="start" dy="0.35em" y="371.4597090008946" x="16">MCL genes</text><text text-anchor="start" dy="0.35em" y="182.6865671641791" x="279.3333333333333">MCL-WGS/exome</text><text text-anchor="start" dy="0.35em" y="596.1536620205476" x="279.3333333333333">MCL-exome</text><text text-anchor="start" dy="0.35em" y="408.8402291847268" x="279.3333333333333">MCL-</text></g><g stroke-opacity="0.5" fill="none" class="links"><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="118.20895522388061" stroke="#f28e2c" d="M536.6666666666666,59.104477611940304C663.3333333333333,59.104477611940304,663.3333333333333,59.104477611940304,790,59.104477611940304"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="171.9402985074627" stroke="#e15759" d="M536.6666666666666,204.17910447761196C663.3333333333333,204.17910447761196,663.3333333333333,332.3880597014925,790,332.3880597014925"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="32.23880597014926" stroke="#f28e2c" d="M536.6666666666666,401.4925373134329C663.3333333333333,401.4925373134329,663.3333333333333,198.80597014925374,790,198.80597014925374"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="21.492537313432837" stroke="#e15759" d="M536.6666666666666,428.358208955224C663.3333333333333,428.358208955224,663.3333333333333,439.85074626865674,790,439.85074626865674"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="64.47761194029852" stroke="#f28e2c" d="M536.6666666666666,332.3880597014927C663.3333333333333,332.3880597014927,663.3333333333333,150.44776119402985,790,150.44776119402985"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="10.746268656716419" stroke="#e15759" d="M536.6666666666666,370.00000000000017C663.3333333333333,370.00000000000017,663.3333333333333,423.7313432835821,790,423.7313432835821"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="21.492537313432837" stroke="#f28e2c" d="M536.6666666666666,459.8507462686568C663.3333333333333,459.8507462686568,663.3333333333333,225.67164179104478,790,225.67164179104478"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="279.4029850746269" stroke="#e15759" d="M536.6666666666666,610.2985074626866C663.3333333333333,610.2985074626866,663.3333333333333,590.2985074626865,790,590.2985074626865"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="75.22388059701493" stroke="#ff9da7" d="M10,49.07164929940203C136.66666666666666,49.07164929940203,136.66666666666666,37.61194029850746,263.3333333333333,37.61194029850746"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="75.22388059701493" stroke="#59a14f" d="M273.3333333333333,327.7611940298508C400,327.7611940298508,400,337.7611940298509,526.6666666666666,337.7611940298509"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="300.8955223880597" stroke="#9c755f" d="M10,581.0119478068648C136.66666666666666,581.0119478068648,136.66666666666666,596.1536620205477,263.3333333333333,596.1536620205477"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="300.8955223880597" stroke="#edc949" d="M273.3333333333333,596.1536620205477C400,596.1536620205477,400,599.5522388059702,526.6666666666666,599.5522388059702"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="290.1492537313433" stroke="#ff9da7" d="M10,231.75821646358116C136.66666666666666,231.75821646358116,136.66666666666666,220.2985074626866,263.3333333333333,220.2985074626866"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="290.1492537313433" stroke="#4e79a7" d="M273.3333333333333,145.07462686567166C400,145.07462686567166,400,145.07462686567166,526.6666666666666,145.07462686567166"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="53.73134328358209" stroke="#bab0ab" d="M10,403.69851497104383C136.66666666666666,403.69851497104383,136.66666666666666,408.84022918472675,263.3333333333333,408.84022918472675"/></g><g style="mix-blend-mode: multiply;" class="link"><path stroke-width="53.73134328358209" stroke="#76b7b2" d="M273.3333333333333,408.84022918472675C400,408.84022918472675,400,412.2388059701493,526.6666666666666,412.2388059701493"/></g></g></svg> |
|
| ... | ... | \ No newline at end of file |