papers/reddyGeneticFunctionalDrivers2017.md
... ...
@@ -33,7 +33,8 @@ All other DLBCL studies, DLBCL Tier 2, 145
33 33
## Novel genes reported in this study
34 34
35 35
### Tier 1
36
-|Novel gene|DLBCL tier|Rating of reviewed variants|
36
+
37
+|Novel gene|DLBCL tier|Average variant quality|
37 38
|:-|:-:|:-:|
38 39
|[ATM](../ATM)|1 |★ ★ ★ ☆ ☆|
39 40
|[BIRC6](../BIRC6)|1 |★ ★ ★ ☆ ☆|
... ...
@@ -44,17 +45,28 @@ All other DLBCL studies, DLBCL Tier 2, 145
44 45
|[UBE2A](../UBE2A)|1 |★ ★ ★ ☆ ☆|
45 46
46 47
### Tier 2
48
+
47 49
|Novel gene|DLBCL tier|Average variant quality|QC outcome|
48 50
|:-|:-:|:-:|:-:|
49 51
|[ANKRD17](../ANKRD17)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
50
-|[ARID1B](../ARID1B)|2 |★ ★ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
52
+|[SETD5](../SETD5)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
51 53
|[ARID5B](../ARID5B)|2 |★ ★ ★ ★ ☆|**Pass**|
52 54
|[ATR](../ATR)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
53 55
|[BRINP3](../BRINP3)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
54 56
|[BTBD3](../BTBD3)|2 |★ ★ ★ ★ ☆|**Pass**|
55 57
|[CASP8](../CASP8)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
56
-|[CBLB](../CBLB)|2 |★ ★ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
58
+|[TGFBR2](../TGFBR2)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
59
+|[TIPARP](../TIPARP)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
57 60
|[CD22](../CD22)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
61
+|[NF1](../NF1)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
62
+|[IKBKB](../IKBKB)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
63
+|[JUNB](../JUNB)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
64
+|[KCMF1](../KCMF1)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
65
+|[MAGT1](../MAGT1)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
66
+|[FOXP1](../FOXP1)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
67
+|[FUBP1](../FUBP1)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
68
+|[GOLGA5](../GOLGA5)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
69
+|[MSH6](../MSH6)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
58 70
|[CDC73](../CDC73)|2 |★ ★ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
59 71
|[CHD1](../CHD1)|2 |★ ★ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
60 72
|[CHD8](../CHD8)|2 |★ ★ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
... ...
@@ -63,42 +75,33 @@ All other DLBCL studies, DLBCL Tier 2, 145
63 75
|[DDX10](../DDX10)|2 |★ ★ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
64 76
|[DICER1](../DICER1)|2 |★ ★ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
65 77
|[DNMT3A](../DNMT3A)|2 |★ ☆ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
66
-|[FOXP1](../FOXP1)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
67
-|[FUBP1](../FUBP1)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
68
-|[GNAS](../GNAS)|2 |★ ★ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
69
-|[GOLGA5](../GOLGA5)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
70 78
|[HRAS](../HRAS)|2 |★ ★ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
71
-|[IKBKB](../IKBKB)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
72
-|[JUNB](../JUNB)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
73
-|[KCMF1](../KCMF1)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
74 79
|[LIN54](../LIN54)|2 |★ ★ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
75
-|[MAGT1](../MAGT1)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
80
+|[MECOM](../MECOM)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
81
+|[MET](../MET)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
82
+|[ZFX](../ZFX)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
83
+|[YY1](../YY1)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
76 84
|[MAP4K4](../MAP4K4)|2 |★ ★ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
77 85
|[MARK1](../MARK1)|2 |★ ☆ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
78 86
|[MCL1](../MCL1)|2 |★ ★ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
79
-|[MECOM](../MECOM)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
80
-|[MET](../MET)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
81 87
|[MSH2](../MSH2)|2 |★ ★ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
82
-|[MSH6](../MSH6)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
88
+|[GNAS](../GNAS)|2 |★ ★ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
83 89
|[MYB](../MYB)|2 |★ ★ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
84 90
|[NCOR1](../NCOR1)|2 |★ ★ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
85
-|[NF1](../NF1)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
86 91
|[NFKB2](../NFKB2)|2 |★ ★ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
87 92
|[PHF6](../PHF6)|2 |★ ★ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
88 93
|[PIK3CD](../PIK3CD)|2 |★ ★ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
89 94
|[PTPN6](../PTPN6)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
90 95
|[PTPRK](../PTPRK)|2 |★ ★ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
91 96
|[RARA](../RARA)|2 |★ ☆ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
97
+|[ARID1B](../ARID1B)|2 |★ ★ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
92 98
|[RUNX1](../RUNX1)|2 |★ ★ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
93
-|[SETD5](../SETD5)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
99
+|[CBLB](../CBLB)|2 |★ ★ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
94 100
|[SYK](../SYK)|2 |★ ★ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
95
-|[TGFBR2](../TGFBR2)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
96
-|[TIPARP](../TIPARP)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
97 101
|[WAC](../WAC)|2 |★ ★ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
98
-|[YY1](../YY1)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
99 102
|[ZBTB7A](../ZBTB7A)|2 |★ ☆ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
100 103
|[ZFAT](../ZFAT)|2 |★ ★ ☆ ☆ ☆|**Fail**|
101
-|[ZFX](../ZFX)|2 |★ ★ ★ ☆ ☆|**Pass**|
104
+
102 105
103 106
## See Also
104 107
papers/reddyGeneticFunctionalDrivers2017.pdf
papers/reddyGeneticFunctionalDrivers2017_tmp.html
... ...
@@ -409,7 +409,7 @@ All other DLBCL studies, DLBCL Tier 2, 145
409 409
<tr>
410 410
<th style="text-align:left">Novel gene</th>
411 411
<th style="text-align:center">DLBCL tier</th>
412
-<th style="text-align:center">Rating of reviewed variants</th>
412
+<th style="text-align:center">Average variant quality</th>
413 413
</tr>
414 414
</thead>
415 415
<tbody>
... ...
@@ -468,10 +468,10 @@ All other DLBCL studies, DLBCL Tier 2, 145
468 468
<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
469 469
</tr>
470 470
<tr>
471
-<td style="text-align:left"><a href="../ARID1B">ARID1B</a></td>
471
+<td style="text-align:left"><a href="../SETD5">SETD5</a></td>
472 472
<td style="text-align:center">2</td>
473
-<td style="text-align:center">★ ★ ☆ ☆ ☆</td>
474
-<td style="text-align:center"><strong>Fail</strong></td>
473
+<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
474
+<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
475 475
</tr>
476 476
<tr>
477 477
<td style="text-align:left"><a href="../ARID5B">ARID5B</a></td>
... ...
@@ -504,10 +504,16 @@ All other DLBCL studies, DLBCL Tier 2, 145
504 504
<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
505 505
</tr>
506 506
<tr>
507
-<td style="text-align:left"><a href="../CBLB">CBLB</a></td>
507
+<td style="text-align:left"><a href="../TGFBR2">TGFBR2</a></td>
508 508
<td style="text-align:center">2</td>
509
-<td style="text-align:center">★ ★ ☆ ☆ ☆</td>
510
-<td style="text-align:center"><strong>Fail</strong></td>
509
+<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
510
+<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
511
+</tr>
512
+<tr>
513
+<td style="text-align:left"><a href="../TIPARP">TIPARP</a></td>
514
+<td style="text-align:center">2</td>
515
+<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
516
+<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
511 517
</tr>
512 518
<tr>
513 519
<td style="text-align:left"><a href="../CD22">CD22</a></td>
... ...
@@ -516,6 +522,60 @@ All other DLBCL studies, DLBCL Tier 2, 145
516 522
<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
517 523
</tr>
518 524
<tr>
525
+<td style="text-align:left"><a href="../NF1">NF1</a></td>
526
+<td style="text-align:center">2</td>
527
+<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
528
+<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
529
+</tr>
530
+<tr>
531
+<td style="text-align:left"><a href="../IKBKB">IKBKB</a></td>
532
+<td style="text-align:center">2</td>
533
+<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
534
+<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
535
+</tr>
536
+<tr>
537
+<td style="text-align:left"><a href="../JUNB">JUNB</a></td>
538
+<td style="text-align:center">2</td>
539
+<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
540
+<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
541
+</tr>
542
+<tr>
543
+<td style="text-align:left"><a href="../KCMF1">KCMF1</a></td>
544
+<td style="text-align:center">2</td>
545
+<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
546
+<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
547
+</tr>
548
+<tr>
549
+<td style="text-align:left"><a href="../MAGT1">MAGT1</a></td>
550
+<td style="text-align:center">2</td>
551
+<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
552
+<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
553
+</tr>
554
+<tr>
555
+<td style="text-align:left"><a href="../FOXP1">FOXP1</a></td>
556
+<td style="text-align:center">2</td>
557
+<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
558
+<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
559
+</tr>
560
+<tr>
561
+<td style="text-align:left"><a href="../FUBP1">FUBP1</a></td>
562
+<td style="text-align:center">2</td>
563
+<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
564
+<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
565
+</tr>
566
+<tr>
567
+<td style="text-align:left"><a href="../GOLGA5">GOLGA5</a></td>
568
+<td style="text-align:center">2</td>
569
+<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
570
+<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
571
+</tr>
572
+<tr>
573
+<td style="text-align:left"><a href="../MSH6">MSH6</a></td>
574
+<td style="text-align:center">2</td>
575
+<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
576
+<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
577
+</tr>
578
+<tr>
519 579
<td style="text-align:left"><a href="../CDC73">CDC73</a></td>
520 580
<td style="text-align:center">2</td>
521 581
<td style="text-align:center">★ ★ ☆ ☆ ☆</td>
... ...
@@ -564,61 +624,37 @@ All other DLBCL studies, DLBCL Tier 2, 145
564 624
<td style="text-align:center"><strong>Fail</strong></td>
565 625
</tr>
566 626
<tr>
567
-<td style="text-align:left"><a href="../FOXP1">FOXP1</a></td>
568
-<td style="text-align:center">2</td>
569
-<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
570
-<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
571
-</tr>
572
-<tr>
573
-<td style="text-align:left"><a href="../FUBP1">FUBP1</a></td>
574
-<td style="text-align:center">2</td>
575
-<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
576
-<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
577
-</tr>
578
-<tr>
579
-<td style="text-align:left"><a href="../GNAS">GNAS</a></td>
627
+<td style="text-align:left"><a href="../HRAS">HRAS</a></td>
580 628
<td style="text-align:center">2</td>
581 629
<td style="text-align:center">★ ★ ☆ ☆ ☆</td>
582 630
<td style="text-align:center"><strong>Fail</strong></td>
583 631
</tr>
584 632
<tr>
585
-<td style="text-align:left"><a href="../GOLGA5">GOLGA5</a></td>
586
-<td style="text-align:center">2</td>
587
-<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
588
-<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
589
-</tr>
590
-<tr>
591
-<td style="text-align:left"><a href="../HRAS">HRAS</a></td>
633
+<td style="text-align:left"><a href="../LIN54">LIN54</a></td>
592 634
<td style="text-align:center">2</td>
593 635
<td style="text-align:center">★ ★ ☆ ☆ ☆</td>
594 636
<td style="text-align:center"><strong>Fail</strong></td>
595 637
</tr>
596 638
<tr>
597
-<td style="text-align:left"><a href="../IKBKB">IKBKB</a></td>
639
+<td style="text-align:left"><a href="../MECOM">MECOM</a></td>
598 640
<td style="text-align:center">2</td>
599 641
<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
600 642
<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
601 643
</tr>
602 644
<tr>
603
-<td style="text-align:left"><a href="../JUNB">JUNB</a></td>
645
+<td style="text-align:left"><a href="../MET">MET</a></td>
604 646
<td style="text-align:center">2</td>
605 647
<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
606 648
<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
607 649
</tr>
608 650
<tr>
609
-<td style="text-align:left"><a href="../KCMF1">KCMF1</a></td>
651
+<td style="text-align:left"><a href="../ZFX">ZFX</a></td>
610 652
<td style="text-align:center">2</td>
611 653
<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
612 654
<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
613 655
</tr>
614 656
<tr>
615
-<td style="text-align:left"><a href="../LIN54">LIN54</a></td>
616
-<td style="text-align:center">2</td>
617
-<td style="text-align:center">★ ★ ☆ ☆ ☆</td>
618
-<td style="text-align:center"><strong>Fail</strong></td>
619
-</tr>
620
-<tr>
621
-<td style="text-align:left"><a href="../MAGT1">MAGT1</a></td>
657
+<td style="text-align:left"><a href="../YY1">YY1</a></td>
622 658
<td style="text-align:center">2</td>
623 659
<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
624 660
<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
... ...
@@ -642,28 +678,16 @@ All other DLBCL studies, DLBCL Tier 2, 145
642 678
<td style="text-align:center"><strong>Fail</strong></td>
643 679
</tr>
644 680
<tr>
645
-<td style="text-align:left"><a href="../MECOM">MECOM</a></td>
646
-<td style="text-align:center">2</td>
647
-<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
648
-<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
649
-</tr>
650
-<tr>
651
-<td style="text-align:left"><a href="../MET">MET</a></td>
652
-<td style="text-align:center">2</td>
653
-<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
654
-<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
655
-</tr>
656
-<tr>
657 681
<td style="text-align:left"><a href="../MSH2">MSH2</a></td>
658 682
<td style="text-align:center">2</td>
659 683
<td style="text-align:center">★ ★ ☆ ☆ ☆</td>
660 684
<td style="text-align:center"><strong>Fail</strong></td>
661 685
</tr>
662 686
<tr>
663
-<td style="text-align:left"><a href="../MSH6">MSH6</a></td>
687
+<td style="text-align:left"><a href="../GNAS">GNAS</a></td>
664 688
<td style="text-align:center">2</td>
665
-<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
666
-<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
689
+<td style="text-align:center">★ ★ ☆ ☆ ☆</td>
690
+<td style="text-align:center"><strong>Fail</strong></td>
667 691
</tr>
668 692
<tr>
669 693
<td style="text-align:left"><a href="../MYB">MYB</a></td>
... ...
@@ -678,12 +702,6 @@ All other DLBCL studies, DLBCL Tier 2, 145
678 702
<td style="text-align:center"><strong>Fail</strong></td>
679 703
</tr>
680 704
<tr>
681
-<td style="text-align:left"><a href="../NF1">NF1</a></td>
682
-<td style="text-align:center">2</td>
683
-<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
684
-<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
685
-</tr>
686
-<tr>
687 705
<td style="text-align:left"><a href="../NFKB2">NFKB2</a></td>
688 706
<td style="text-align:center">2</td>
689 707
<td style="text-align:center">★ ★ ☆ ☆ ☆</td>
... ...
@@ -720,34 +738,28 @@ All other DLBCL studies, DLBCL Tier 2, 145
720 738
<td style="text-align:center"><strong>Fail</strong></td>
721 739
</tr>
722 740
<tr>
723
-<td style="text-align:left"><a href="../RUNX1">RUNX1</a></td>
741
+<td style="text-align:left"><a href="../ARID1B">ARID1B</a></td>
724 742
<td style="text-align:center">2</td>
725 743
<td style="text-align:center">★ ★ ☆ ☆ ☆</td>
726 744
<td style="text-align:center"><strong>Fail</strong></td>
727 745
</tr>
728 746
<tr>
729
-<td style="text-align:left"><a href="../SETD5">SETD5</a></td>
730
-<td style="text-align:center">2</td>
731
-<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
732
-<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
733
-</tr>
734
-<tr>
735
-<td style="text-align:left"><a href="../SYK">SYK</a></td>
747
+<td style="text-align:left"><a href="../RUNX1">RUNX1</a></td>
736 748
<td style="text-align:center">2</td>
737 749
<td style="text-align:center">★ ★ ☆ ☆ ☆</td>
738 750
<td style="text-align:center"><strong>Fail</strong></td>
739 751
</tr>
740 752
<tr>
741
-<td style="text-align:left"><a href="../TGFBR2">TGFBR2</a></td>
753
+<td style="text-align:left"><a href="../CBLB">CBLB</a></td>
742 754
<td style="text-align:center">2</td>
743
-<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
744
-<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
755
+<td style="text-align:center">★ ★ ☆ ☆ ☆</td>
756
+<td style="text-align:center"><strong>Fail</strong></td>
745 757
</tr>
746 758
<tr>
747
-<td style="text-align:left"><a href="../TIPARP">TIPARP</a></td>
759
+<td style="text-align:left"><a href="../SYK">SYK</a></td>
748 760
<td style="text-align:center">2</td>
749
-<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
750
-<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
761
+<td style="text-align:center">★ ★ ☆ ☆ ☆</td>
762
+<td style="text-align:center"><strong>Fail</strong></td>
751 763
</tr>
752 764
<tr>
753 765
<td style="text-align:left"><a href="../WAC">WAC</a></td>
... ...
@@ -756,12 +768,6 @@ All other DLBCL studies, DLBCL Tier 2, 145
756 768
<td style="text-align:center"><strong>Fail</strong></td>
757 769
</tr>
758 770
<tr>
759
-<td style="text-align:left"><a href="../YY1">YY1</a></td>
760
-<td style="text-align:center">2</td>
761
-<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
762
-<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
763
-</tr>
764
-<tr>
765 771
<td style="text-align:left"><a href="../ZBTB7A">ZBTB7A</a></td>
766 772
<td style="text-align:center">2</td>
767 773
<td style="text-align:center">★ ☆ ☆ ☆ ☆</td>
... ...
@@ -773,12 +779,6 @@ All other DLBCL studies, DLBCL Tier 2, 145
773 779
<td style="text-align:center">★ ★ ☆ ☆ ☆</td>
774 780
<td style="text-align:center"><strong>Fail</strong></td>
775 781
</tr>
776
-<tr>
777
-<td style="text-align:left"><a href="../ZFX">ZFX</a></td>
778
-<td style="text-align:center">2</td>
779
-<td style="text-align:center">★ ★ ★ ☆ ☆</td>
780
-<td style="text-align:center"><strong>Pass</strong></td>
781
-</tr>
782 782
</tbody>
783 783
</table>
784 784
<h2 id="see-also">See Also</h2>