ef4101e92fbd0843916313e4bf5263ce822be420
DLBCL_Incidence.md
| ... | ... | @@ -0,0 +1,146 @@ |
| 1 | +|Hugo_Symbol | GAMBL without Reddy| GAMBL with Reddy| BC| Dana-Farber[@chapuyMolecularSubtypesDiffuse2018]| NCI[@schmitzGeneticsPathogenesisDiffuse2018]| Reddy[@reddyGeneticFunctionalDrivers2017]| ICGC[@hubschmannMutationalMechanismsShaping2021]| |
|
| 2 | + |:-----------|-------------------:|----------------:|------:|-----------:|------:|------:|----------:| |
|
| 3 | + |ACTB | 0.0925| 0.0896| 0.0583| 0.1188| 0.0979| 0.0843| 0.1412| |
|
| 4 | + |ACTG1 | 0.0485| 0.0517| 0.0493| 0.0297| 0.0745| 0.0599| 0.0588| |
|
| 5 | + |ARID1A | 0.0625| 0.0603| 0.0673| 0.0396| 0.0894| 0.0562| 0.0706| |
|
| 6 | + |ATM | 0.0472| 0.0493| 0.0448| 0.0429| 0.0553| 0.0543| 0.0353| |
|
| 7 | + |ATP6AP1 | 0.0061| 0.0065| 0.0045| 0.0099| 0.0191| 0.0075| 0.0012| |
|
| 8 | + |ATP6V1B2 | 0.0011| 0.0015| 0.0090| 0.0003| 0.0128| 0.0075| 0.0118| |
|
| 9 | + |B2M | 0.1414| 0.1423| 0.1256| 0.1254| 0.1553| 0.1442| 0.1882| |
|
| 10 | + |BACH2 | 0.0090| 0.0096| 0.0045| 0.0099| 0.0128| 0.0112| 0.0235| |
|
| 11 | + |BCL10 | 0.0589| 0.0486| 0.0538| 0.0528| 0.0766| 0.0356| 0.0353| |
|
| 12 | + |BCL2 | 0.1458| 0.1477| 0.2108| 0.1749| 0.1064| 0.1517| 0.2471| |
|
| 13 | + |BCL6 | 0.0882| 0.0888| 0.1166| 0.0561| 0.1085| 0.0899| 0.1176| |
|
| 14 | + |BCL7A | 0.0556| 0.0655| 0.0987| 0.0495| 0.1064| 0.1011| 0.0118| |
|
| 15 | + |BIRC6 | 0.0692| 0.0721| 0.0583| 0.0561| 0.1000| 0.0787| 0.0471| |
|
| 16 | + |BMP7 | 0.0220| 0.0227| 0.0269| 0.0165| 0.0234| 0.0243| 0.0353| |
|
| 17 | + |BRAF | 0.0234| 0.0224| 0.0090| 0.0528| 0.0340| 0.0206| 0.0353| |
|
| 18 | + |BTG1 | 0.1187| 0.1031| 0.0942| 0.1419| 0.1447| 0.0805| 0.0588| |
|
| 19 | + |BTG2 | 0.0984| 0.1041| 0.1121| 0.0495| 0.1723| 0.1180| 0.1647| |
|
| 20 | + |BTK | 0.0370| 0.0365| 0.0583| 0.0297| 0.0340| 0.0356| 0.0588| |
|
| 21 | + |CARD11 | 0.1208| 0.1136| 0.0987| 0.1056| 0.1532| 0.1011| 0.1059| |
|
| 22 | + |CCND3 | 0.0665| 0.0619| 0.0583| 0.0462| 0.0979| 0.0543| 0.0706| |
|
| 23 | + |CD58 | 0.0844| 0.0587| 0.0807| 0.0726| 0.1000| 0.0356| 0.0706| |
|
| 24 | + |CD70 | 0.0723| 0.0719| 0.0404| 0.0792| 0.0936| 0.0712| 0.1176| |
|
| 25 | + |CD79B | 0.1261| 0.1160| 0.0897| 0.1452| 0.1489| 0.0993| 0.0941| |
|
| 26 | + |CD83 | 0.0513| 0.0570| 0.0314| 0.0594| 0.0574| 0.0730| 0.1059| |
|
| 27 | + |CDKN2A | 0.0246| 0.0203| 0.0224| 0.0132| 0.0489| 0.0150| 0.0471| |
|
| 28 | + |CHD8 | 0.0236| 0.0254| 0.0135| 0.0330| 0.0362| 0.0300| 0.0118| |
|
| 29 | + |CIITA | 0.0265| 0.0317| 0.0090| 0.0495| 0.0660| 0.0524| 0.0235| |
|
| 30 | + |CREBBP | 0.1885| 0.1801| 0.2242| 0.1815| 0.1787| 0.1648| 0.1882| |
|
| 31 | + |CTSS | 0.0011| 0.0016| 0.0090| 0.0003| 0.0149| 0.0094| 0.0118| |
|
| 32 | + |CXCR4 | 0.0213| 0.0210| 0.0224| 0.0198| 0.0255| 0.0206| 0.0118| |
|
| 33 | + |DDX3X | 0.0528| 0.0544| 0.0762| 0.0495| 0.0468| 0.0581| 0.0588| |
|
| 34 | + |DTX1 | 0.1052| 0.0982| 0.0673| 0.1056| 0.1362| 0.0861| 0.1176| |
|
| 35 | + |DUSP2 | 0.0793| 0.0871| 0.0942| 0.0429| 0.1255| 0.1086| 0.1176| |
|
| 36 | + |EBF1 | 0.0998| 0.1031| 0.0717| 0.1254| 0.1085| 0.1105| 0.0824| |
|
| 37 | + |EEF1A1 | 0.0352| 0.0359| 0.0404| 0.0396| 0.0298| 0.0375| 0.0471| |
|
| 38 | + |EP300 | 0.0886| 0.0828| 0.1031| 0.0792| 0.0979| 0.0730| 0.0588| |
|
| 39 | + |ETS1 | 0.0589| 0.0598| 0.0493| 0.0495| 0.0787| 0.0618| 0.0471| |
|
| 40 | + |ETV6 | 0.0598| 0.0598| 0.0673| 0.0858| 0.1043| 0.0599| 0.0118| |
|
| 41 | + |EZH2 | 0.0873| 0.0915| 0.1390| 0.0627| 0.0915| 0.1011| 0.0941| |
|
| 42 | + |FAS | 0.0915| 0.0738| 0.0897| 0.0792| 0.1085| 0.0524| 0.0706| |
|
| 43 | + |FBXO11 | 0.0251| 0.0242| 0.0224| 0.0297| 0.0213| 0.0225| 0.0824| |
|
| 44 | + |FBXW7 | 0.0251| 0.0225| 0.0314| 0.0231| 0.0298| 0.0187| 0.0118| |
|
| 45 | + |FOXO1 | 0.0393| 0.0365| 0.1121| 0.0165| 0.0723| 0.0318| 0.0588| |
|
| 46 | + |GNA13 | 0.1040| 0.1093| 0.1300| 0.1122| 0.0851| 0.1217| 0.1647| |
|
| 47 | + |GNAI2 | 0.0448| 0.0324| 0.0314| 0.0363| 0.0638| 0.0206| 0.0588| |
|
| 48 | + |GRB2 | 0.0284| 0.0190| 0.0224| 0.0297| 0.0277| 0.0112| 0.0824| |
|
| 49 | + |GRHPR | 0.0396| 0.0401| 0.0404| 0.0396| 0.0447| 0.0412| 0.0235| |
|
| 50 | + |HIST1H1B | 0.0869| 0.0896| 0.0897| 0.0891| 0.0851| 0.0955| 0.0824| |
|
| 51 | + |HIST1H1C | 0.1067| 0.1107| 0.0987| 0.1155| 0.0979| 0.1199| 0.1765| |
|
| 52 | + |HIST1H1D | 0.0615| 0.0654| 0.0628| 0.0627| 0.0574| 0.0749| 0.0824| |
|
| 53 | + |HIST1H1E | 0.1448| 0.1555| 0.1256| 0.1122| 0.1787| 0.1816| 0.2000| |
|
| 54 | + |HIST1H2AC | 0.0592| 0.0536| 0.0493| 0.0594| 0.0617| 0.0449| 0.0824| |
|
| 55 | + |HIST1H2AG | 0.0308| 0.0305| 0.0269| 0.0264| 0.0362| 0.0300| 0.0353| |
|
| 56 | + |HIST1H2AM | 0.0539| 0.0540| 0.0359| 0.0627| 0.0574| 0.0543| 0.0941| |
|
| 57 | + |HIST1H2BC | 0.0343| 0.0397| 0.0135| 0.0561| 0.0553| 0.0581| 0.0588| |
|
| 58 | + |HIST1H2BG | 0.0239| 0.0256| 0.0179| 0.0198| 0.0298| 0.0300| 0.0471| |
|
| 59 | + |HIST1H2BK | 0.0503| 0.0526| 0.0493| 0.0528| 0.0532| 0.0581| 0.0353| |
|
| 60 | + |HIST1H3B | 0.0165| 0.0191| 0.0090| 0.0264| 0.0170| 0.0281| 0.0471| |
|
| 61 | + |HIST2H2BE | 0.0262| 0.0295| 0.0135| 0.0363| 0.0319| 0.0393| 0.0471| |
|
| 62 | + |HLA-A | 0.0985| 0.0112| 0.0987| 0.0924| 0.1106| 0.0037| 0.0706| |
|
| 63 | + |HLA-B | 0.1151| 0.0447| 0.0942| 0.0990| 0.1638| 0.0187| 0.0706| |
|
| 64 | + |HLA-C | 0.0438| 0.0006| 0.0448| 0.0396| 0.0553| 0.0002| 0.0235| |
|
| 65 | + |HLA-DMB | 0.0334| 0.0006| 0.0359| 0.0198| 0.0511| 0.0002| 0.0471| |
|
| 66 | + |HNRNPU | 0.0333| 0.0345| 0.0314| 0.0330| 0.0340| 0.0375| 0.0353| |
|
| 67 | + |HVCN1 | 0.0097| 0.0121| 0.0269| 0.0363| 0.0191| 0.0243| 0.0012| |
|
| 68 | + |ID3 | 0.0146| 0.0186| 0.0135| 0.0066| 0.0468| 0.0412| 0.0353| |
|
| 69 | + |IGLL5 | 0.2308| 0.2271| 0.3722| 0.0924| 0.3596| 0.2191| 0.5294| |
|
| 70 | + |IKZF3 | 0.0391| 0.0423| 0.0269| 0.0429| 0.0447| 0.0506| 0.0471| |
|
| 71 | + |IL4R | 0.0247| 0.0262| 0.0179| 0.0396| 0.0213| 0.0300| 0.0471| |
|
| 72 | + |IRF4 | 0.0306| 0.0349| 0.0179| 0.0198| 0.0702| 0.0487| 0.0588| |
|
| 73 | + |IRF8 | 0.0907| 0.0878| 0.0897| 0.0957| 0.1043| 0.0824| 0.0471| |
|
| 74 | + |ITPKB | 0.0666| 0.0680| 0.0448| 0.0891| 0.0681| 0.0712| 0.0824| |
|
| 75 | + |JUNB | 0.0224| 0.0259| 0.0135| 0.0198| 0.0319| 0.0375| 0.0471| |
|
| 76 | + |KLF2 | 0.0410| 0.0357| 0.0673| 0.0231| 0.0702| 0.0281| 0.0235| |
|
| 77 | + |KLHL14 | 0.0578| 0.0566| 0.0448| 0.0627| 0.0660| 0.0543| 0.0471| |
|
| 78 | + |KLHL6 | 0.0701| 0.0692| 0.0404| 0.0825| 0.0915| 0.0674| 0.0706| |
|
| 79 | + |KMT2C | 0.0508| 0.0573| 0.0269| 0.0528| 0.0830| 0.0768| 0.0471| |
|
| 80 | + |KMT2D | 0.3098| 0.2979| 0.3318| 0.2574| 0.3447| 0.2753| 0.2824| |
|
| 81 | + |KRAS | 0.0097| 0.0121| 0.0135| 0.0264| 0.0362| 0.0243| 0.0012| |
|
| 82 | + |LCOR | 0.0037| 0.0045| 0.0135| 0.0033| 0.0043| 0.0075| 0.0012| |
|
| 83 | + |LRRN3 | 0.0775| 0.0813| 0.0717| 0.0759| 0.0809| 0.0899| 0.0824| |
|
| 84 | + |LTB | 0.0951| 0.0006| 0.1121| 0.0924| 0.0851| 0.0002| 0.1412| |
|
| 85 | + |MAP2K1 | 0.0133| 0.0164| 0.0045| 0.0297| 0.0319| 0.0300| 0.0118| |
|
| 86 | + |MEF2B | 0.0934| 0.0848| 0.1166| 0.0726| 0.0979| 0.0712| 0.1176| |
|
| 87 | + |MEF2C | 0.0251| 0.0249| 0.0269| 0.0330| 0.0191| 0.0243| 0.0706| |
|
| 88 | + |MGA | 0.0459| 0.0493| 0.0359| 0.0330| 0.0723| 0.0581| 0.0471| |
|
| 89 | + |MPEG1 | 0.0628| 0.0605| 0.0314| 0.0891| 0.0915| 0.0562| 0.0471| |
|
| 90 | + |MS4A1 | 0.0067| 0.0086| 0.0179| 0.0066| 0.0149| 0.0206| 0.0012| |
|
| 91 | + |MTOR | 0.0245| 0.0269| 0.0135| 0.0198| 0.0404| 0.0337| 0.0824| |
|
| 92 | + |MYC | 0.0584| 0.0600| 0.0493| 0.0660| 0.0532| 0.0637| 0.1294| |
|
| 93 | + |MYD88 | 0.1975| 0.1914| 0.1614| 0.1881| 0.2638| 0.1798| 0.1059| |
|
| 94 | + |NFKBIA | 0.0405| 0.0442| 0.0359| 0.0429| 0.0383| 0.0543| 0.0706| |
|
| 95 | + |NFKBIE | 0.0338| 0.0344| 0.0179| 0.0297| 0.0574| 0.0356| 0.0588| |
|
| 96 | + |NFKBIZ | 0.0115| 0.0137| 0.0269| 0.0066| 0.0128| 0.0225| 0.0235| |
|
| 97 | + |NOL9 | 0.0305| 0.0253| 0.0224| 0.0165| 0.0681| 0.0187| 0.0941| |
|
| 98 | + |NOTCH1 | 0.0367| 0.0395| 0.0224| 0.0396| 0.0894| 0.0468| 0.0118| |
|
| 99 | + |NOTCH2 | 0.0857| 0.0689| 0.0717| 0.0693| 0.1128| 0.0487| 0.0824| |
|
| 100 | + |OSBPL10 | 0.0586| 0.0497| 0.0762| 0.0264| 0.1426| 0.0375| 0.0588| |
|
| 101 | + |P2RY8 | 0.0736| 0.0006| 0.0807| 0.0759| 0.0723| 0.0002| 0.0588| |
|
| 102 | + |PCBP1 | 0.0154| 0.0186| 0.0090| 0.0165| 0.0234| 0.0318| 0.0118| |
|
| 103 | + |PHF6 | 0.0146| 0.0158| 0.0269| 0.0099| 0.0149| 0.0187| 0.0235| |
|
| 104 | + |PIM1 | 0.2388| 0.2301| 0.1659| 0.2376| 0.2766| 0.2135| 0.3176| |
|
| 105 | + |PIM2 | 0.0470| 0.0463| 0.0538| 0.0330| 0.0638| 0.0449| 0.0353| |
|
| 106 | + |POU2AF1 | 0.0325| 0.0329| 0.0404| 0.0561| 0.0234| 0.0337| 0.0353| |
|
| 107 | + |POU2F2 | 0.0596| 0.0422| 0.0493| 0.0627| 0.0638| 0.0262| 0.0588| |
|
| 108 | + |PRDM1 | 0.0874| 0.0770| 0.0942| 0.0759| 0.1021| 0.0618| 0.0588| |
|
| 109 | + |PTEN | 0.0367| 0.0342| 0.0269| 0.0462| 0.0426| 0.0300| 0.0235| |
|
| 110 | + |PTPN6 | 0.0340| 0.0318| 0.0179| 0.0462| 0.0447| 0.0281| 0.0353| |
|
| 111 | + |RB1 | 0.0321| 0.0218| 0.0628| 0.0363| 0.0319| 0.0131| 0.0118| |
|
| 112 | + |RFX7 | 0.0268| 0.0272| 0.0269| 0.0396| 0.0213| 0.0281| 0.0353| |
|
| 113 | + |RHOA | 0.0366| 0.0369| 0.0314| 0.0429| 0.0362| 0.0375| 0.0353| |
|
| 114 | + |RRAGC | 0.0083| 0.0105| 0.0135| 0.0033| 0.0298| 0.0225| 0.0118| |
|
| 115 | + |S1PR2 | 0.0273| 0.0287| 0.0448| 0.0297| 0.0213| 0.0318| 0.0353| |
|
| 116 | + |SETD1B | 0.0013| 0.0019| 0.0448| 0.0003| 0.1277| 0.0749| 0.0353| |
|
| 117 | + |SF3B1 | 0.0211| 0.0234| 0.0135| 0.0330| 0.0213| 0.0300| 0.0235| |
|
| 118 | + |SGK1 | 0.1085| 0.1171| 0.0807| 0.1287| 0.1064| 0.1386| 0.1765| |
|
| 119 | + |SIN3A | 0.0303| 0.0308| 0.0314| 0.0330| 0.0277| 0.0318| 0.0353| |
|
| 120 | + |SMARCA4 | 0.0233| 0.0273| 0.0224| 0.0165| 0.0298| 0.0412| 0.0353| |
|
| 121 | + |SOCS1 | 0.0841| 0.0959| 0.0987| 0.0429| 0.1277| 0.1330| 0.2824| |
|
| 122 | + |SPEN | 0.0641| 0.0696| 0.0314| 0.0858| 0.1000| 0.0843| 0.0471| |
|
| 123 | + |STAT3 | 0.0787| 0.0596| 0.0538| 0.0792| 0.0936| 0.0393| 0.1059| |
|
| 124 | + |STAT6 | 0.0324| 0.0371| 0.0314| 0.0462| 0.0255| 0.0524| 0.0588| |
|
| 125 | + |TAF1 | 0.0466| 0.0508| 0.0493| 0.0396| 0.0489| 0.0618| 0.0588| |
|
| 126 | + |TBL1XR1 | 0.0949| 0.0799| 0.0852| 0.0693| 0.1277| 0.0599| 0.1059| |
|
| 127 | + |TCF3 | 0.0092| 0.0120| 0.0135| 0.0198| 0.0319| 0.0300| 0.0012| |
|
| 128 | + |TCL1A | 0.0250| 0.0273| 0.0179| 0.0264| 0.0383| 0.0337| 0.0118| |
|
| 129 | + |TET2 | 0.0649| 0.0727| 0.0448| 0.0495| 0.1170| 0.0955| 0.0471| |
|
| 130 | + |TFAP4 | 0.0018| 0.0005| 0.0004| 0.0165| 0.0149| 0.0002| 0.0012| |
|
| 131 | + |TMEM30A | 0.0569| 0.0515| 0.0359| 0.0528| 0.0766| 0.0431| 0.0824| |
|
| 132 | + |TMSB4X | 0.1739| 0.1646| 0.1256| 0.1650| 0.2085| 0.1479| 0.2118| |
|
| 133 | + |TNFAIP3 | 0.1083| 0.1078| 0.0628| 0.1056| 0.1660| 0.1067| 0.0941| |
|
| 134 | + |TNFRSF14 | 0.1489| 0.1454| 0.1525| 0.1320| 0.1681| 0.1386| 0.1176| |
|
| 135 | + |TOX | 0.0511| 0.0537| 0.0493| 0.0528| 0.0553| 0.0599| 0.0353| |
|
| 136 | + |TP53 | 0.2206| 0.1914| 0.2422| 0.2211| 0.2234| 0.1479| 0.1647| |
|
| 137 | + |UBE2A | 0.0466| 0.0467| 0.0269| 0.0462| 0.0702| 0.0468| 0.0471| |
|
| 138 | + |USP7 | 0.0311| 0.0230| 0.0224| 0.0462| 0.0319| 0.0150| 0.0235| |
|
| 139 | + |VMA21 | 0.0044| 0.0031| 0.0090| 0.0033| 0.0085| 0.0019| 0.0012| |
|
| 140 | + |WEE1 | 0.0273| 0.0215| 0.0448| 0.0198| 0.0277| 0.0150| 0.0353| |
|
| 141 | + |WNK1 | 0.0231| 0.0276| 0.0090| 0.0264| 0.0511| 0.0449| 0.0471| |
|
| 142 | + |XPO1 | 0.0207| 0.0213| 0.0179| 0.0165| 0.0234| 0.0225| 0.0588| |
|
| 143 | + |ZC3H12A | 0.0454| 0.0417| 0.0314| 0.0429| 0.0596| 0.0356| 0.0471| |
|
| 144 | + |ZFP36L1 | 0.0695| 0.0681| 0.0404| 0.0792| 0.0851| 0.0655| 0.1059| |
|
| 145 | + |ZNF292 | 0.0501| 0.0489| 0.0538| 0.0462| 0.0638| 0.0468| 0.0235| |
|
| 146 | + |ZNF608 | 0.0718| 0.0779| 0.0493| 0.0693| 0.0936| 0.0936| 0.0706| |
|
| ... | ... | \ No newline at end of file |