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Summary of novel genes

Entity Total Tier 1 Tier 2 Tier 2 Pass Tier 2 Fail Fail rate for novel genes
BL 59 3 56 9 47 80% 
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New to this study, BL Tier 1, 3
New to this study, BL Tier 2, 56
BL Tier 2, Pass QC, 9
BL Tier 2, Fail QC, 47

Novel genes reported in this study

Tier 1

New gene BL tier
ARID1A 1
GNA13 1
PTEN 1

Tier 2

Novel gene DLBCL tier Average variant quality QC outcome
ACAD9 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
ACE 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
ATP2C2 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
BCL6 2 ★ ★ ★ ★ ☆ Pass
BRAF 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
BRD4 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
BTG2 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
C6orf27 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
CAD 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
CARD4 2 ★ ★ ★ ★ ☆ Pass
CCT6B 2 Germline Fail
CDC73 2 ★ ★ ★ ☆ ☆ Pass
CDH17 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
COL4A2 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
CREBBP 2 ★ ★ ★ ★ ☆ Pass
CYB5D1 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
CYP4F22 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
DLGAP1 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
DTX1 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
EIF2C4 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
EML2 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
ENTPD3 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
EPHB2 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
EZH2 2 ★ ★ ★ ★ ★ Pass
FAM129B 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
FGFR3 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
FTCD 2 Germline Fail
GGTLA4 2 ★ ★ ★ ★ ☆ Pass
GRIK5 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
ICK 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
ITPR3 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
KIFC3 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
MAP3K6 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
MYH10 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
NBEAL1 2 ★ ★ ★ ★ ☆ Pass
NOTCH1 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
NRXN2 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
P2RY2 2 ★ ★ ★ ★ ☆ Pass
PC 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
POLRMT 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
POR 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
PRSS22 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
PTPRN 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
RANBP6 2 ★ ★ ★ ★ ★ Pass
RBP3 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
RET 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
SALL3 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
SAPS2 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
SBF1 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
SF3B1 2 ★ ★ ★ ★ ☆ Fail
SHANK1 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
SLC29A2 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
SYNGAP1 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
TBC1D9B 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
TIGD6 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
TPST2 2 ☆ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
ZNF229 2 Germline Fail

See Also

The primary data supporting each of the mutations reported in this study can be viewed in IGV reports

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