@reddyGeneticFunctionalDrivers2017

Summary of novel genes

Entity Tier 1 genes Tier 2 genes
DLBCL 7 53
--- config: sankey: showValues: true linkColor: target width: 600 height: 300 nodeAlignment: right prefix: '(' suffix: ' genes)' --- sankey-beta This study, New Tier 1, 7 New Tier 1, DLBCL Tier 1, 7 This study, New Tier 2, 53 New Tier 2, DLBCL Tier 2, 53 All other DLBCL studies, DLBCL Tier 1, 121 All other DLBCL studies, DLBCL Tier 2, 145

Novel genes reported in this study

Tier 1

Novel gene DLBCL tier Rating of reviewed variants
ATM 1 ★ ★ ★ ☆ ☆
BIRC6 1 ★ ★ ★ ☆ ☆
HIST1H2BC 1 ★ ★ ★ ★ ☆
HNRNPU 1 ★ ★ ★ ☆ ☆
SETD1B 1 ★ ★ ☆ ☆ ☆
TOX 1 ★ ★ ★ ☆ ☆
UBE2A 1 ★ ★ ★ ☆ ☆

Tier 2

Novel gene DLBCL tier Average variant quality QC outcome
ANKRD17 2 ★ ★ ★ ☆ ☆ Pass
ARID1B 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
ARID5B 2 ★ ★ ★ ★ ☆ Pass
ATR 2 ★ ★ ★ ☆ ☆ Pass
BRINP3 2 ★ ★ ★ ☆ ☆ Pass
BTBD3 2 ★ ★ ★ ★ ☆ Pass
CASP8 2 ★ ★ ★ ☆ ☆ Pass
CBLB 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
CD22 2 ★ ★ ★ ☆ ☆ Pass
CDC73 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
CHD1 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
CHD8 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
CHST2 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
DCAF6 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
DDX10 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
DICER1 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
DNMT3A 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
FOXP1 2 ★ ★ ★ ☆ ☆ Pass
FUBP1 2 ★ ★ ★ ☆ ☆ Pass
GNAS 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
GOLGA5 2 ★ ★ ★ ☆ ☆ Pass
HRAS 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
IKBKB 2 ★ ★ ★ ☆ ☆ Pass
JUNB 2 ★ ★ ★ ☆ ☆ Pass
KCMF1 2 ★ ★ ★ ☆ ☆ Pass
LIN54 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
MAGT1 2 ★ ★ ★ ☆ ☆ Pass
MAP4K4 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
MARK1 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
MCL1 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
MECOM 2 ★ ★ ★ ☆ ☆ Pass
MET 2 ★ ★ ★ ☆ ☆ Pass
MSH2 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
MSH6 2 ★ ★ ★ ☆ ☆ Pass
MYB 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
NCOR1 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
NF1 2 ★ ★ ★ ☆ ☆ Pass
NFKB2 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
PHF6 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
PIK3CD 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
PTPN6 2 ★ ★ ★ ☆ ☆ Pass
PTPRK 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
RARA 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
RUNX1 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
SETD5 2 ★ ★ ★ ☆ ☆ Pass
SYK 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
TGFBR2 2 ★ ★ ★ ☆ ☆ Pass
TIPARP 2 ★ ★ ★ ☆ ☆ Pass
WAC 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
YY1 2 ★ ★ ★ ☆ ☆ Pass
ZBTB7A 2 ★ ☆ ☆ ☆ ☆ Fail
ZFAT 2 ★ ★ ☆ ☆ ☆ Fail
ZFX 2 ★ ★ ★ ☆ ☆ Pass

See Also

The primary data supporting each of the mutations reported in this study can be viewed in IGV reports along with mutations unique to the GAMBL re-analysis.[@drevalRevisitingReddyDLBCL2023]

References